1.仪器井下精确定位问题。由于仪器本身没有深度定位装置，仪器下入深度的计量是靠绞车上的深度计数器来完成。深度计数器计量结果的精度不但与计数器本身有关，而且还与工作环境有关。如果深度误差太大，测量结果就失去意义。

    2.管径变化对测量结果的影响。通常应用的电磁流量计是中心流速式的，仪器的标定是在特制的管道中完成的，如果测量环境与标定环境不同，就会出现测量误差。以内流式仪器为例，若它在内径为ф62mm光油管中标定，在内径为ф59mm的涂料油管中测量时就会引入15.28%的误差。这是系统误差，因此在仪器测量过程中要实时搞清楚被测管道的内径，解释资料时要扣除因管径变化引起的测量误差。

    3.仪器的标定问题。仪器出厂时是用清水标定的，若注入介质改为污水时会对测量结果产生什么样的影响，也是应用中要考虑的一个问题在实际应用中，常常需要在现场对仪器进行标定。

    4.不能连续测量问题。流量计如果能连续测量管柱内的流动剖面，就能直观地反映出整个井筒内的吸水情况，这样有得于测井资料的解释。由于结构设计上的缺陷，电磁流量计目前还不能完全实现连续测量，有人已经着手解决这一问题。